Bacillus subtilis là lợi khuẩn chịu được điều kiện môi trường khắc nghiệt, có khả năng sinh ra enzym tốt nhất và được sản xuất thành chế phẩm sinh học (probiotic) trên quy mô công nghiệp, ứng dụng rộng rãi trong y học, nông nghiệp và công nghiệp thực phẩm. Bacillus subtilis đã trở thành cái tên quen thuộc để tăng cường hệ tiêu hóa cho cả người và động vật, điều trị các chứng viêm ruột, đại tràng, chống tiêu chảy do lạm dụng kháng sinh hoặc loạn khuẩn đường ruột. Bacillus subtilis cũng được sử dụng rộng rãi trong nuôi trồng thủy sản, để xử lý môi trường nước.  

Mặc dù có nhiều ứng dụng như vậy nhưng hiện nay chưa có phương pháp thử tiêu chuẩn được công bố để định lượng Bacillus subtillis tồn tại trong các chế phẩm trên nhằm đảm bảo chất lượng các sản phẩm đang lưu hành. Do đó, việc nghiên cứu để xây dựng phương pháp định lượng Bacillus subtilis có ý nghĩa rất quan trọng để đánh giá chất lượng sản phẩm.